Ai Kayano también vuelve en esta entrega como Emma Tsuda, una nueva agente de la organización 501. Es una huérfana de 17 años que crea juegos cibercerebrales de gran éxito bajo el nombre “Hombre de Hojalata”. Kurtz, líder de la Organización 501, reconoce sus habilidades y la recluta con la intención de que sea la sucesora de Makoto Kusanagi. Usa un cuerpo prostético completo con la apariencia de una mujer joven.
Por algún motivo, un día desaparece de repente de la Organización 501. Durante el tiroteo que se da durante las manifestaciones en contra de fijar el precio del agua, los componentes electrónicas de la chica le salvaron la vida.
Esta nueva entrega de la historia se desarrolla en invierno de 2028, entre la reconstrucción de la posguerra. Las tensiones van en aumento en New Port City y cada día hay más manifestaciones relacionados con los intereses de los cárteles extranjeros. Esto lleva a un tiroteo en el que la policía antidisturbios se ve involucrada. Todo da comienzo con una infección cibercerebral liberada por el terrorista conocido como “Fire Starter”. Una unidad ofensiva independiente liderada por Makoto Kusanagi encomienda la supresión de la situación a sus ghosts y aspira a ejecutar su propia justicia. Bajo la superficie del incidente se encuentran Emma “la chica de hojalata” y Burinda Junior, “el espantapájaros”. Al encargarse Kusanagi del incidente, se acerca a lo que ambos ghosts están buscando.
